اگرچه موشک نیو شپرد بلو اوریجین نسبت به سایر فضاپیماهای شناخته‌شده آلودگی کمتری تولید می‌کند، اما با توجه به اینکه در آینده نزدیک احتمالا شمار این پروازها بیشتر خواهد شد، بد نیست بدانیم که هر پرتاب نیو شپرد چه اثری بر محیط زیست زمین می‌گذارد.
موشک‌ها فناوری‌های سبز و پاکیزه‌ای نیستند و اثر محیط زیستی آن‌ها همچنان در دست بررسی و مطالعه قرار دارد. پرتاب اکثر فضاپیماها بسته به اینکه چه نوع سوختی مصرف می‌کنند، موجب تولید موادی مثل بخار آب، کربن دی‌اکسید (CO2)، دوده و اکسیدهای آلومینیوم می‌شود.
نیو شپرد که قرار است به‌زودی جف بزوس را به فضا ببرد، برای ایجاد انرژی لازم به منظور گریز از گرانش از سوخت ترکیبی هیدروژن مایع و اکسیژن مایع استفاده می‌کند؛ یعنی بخش اصلی خروجی آن آب و برخی محصولات مشتعل دیگر خواهد بود، اما عملا هیچ کربن دی‌اکسیدی پس داده نمی‌شود.
آب خروجی از موشک نیو شپرد می‌تواند تعداد ابرهای جو زمین را افزایش دهد و بر شرایط لایه‌های بالایی اتمسفر از جمله مزوسفر و یونوسفر اثر بگذارد، اما از آن‌جایی که تعداد موشک‌های کنونی کم است، نباید از بابت مدل‌های اقلیمی نگران باشیم.
نشر کربن دی‌اکسید از فضاپیماها تقریبا قابل چشم‌پوشی است، چون بررسی‌ها نشان داده که موشک‌ها در سال ۲۰۱۸ حدود ۰.۰۰۰۰۰۵۹ درصد تمام آلودگی‌های CO2 را به وجود آوردند. این رقم برای صنعت هواپیمایی سالانه ۲.۴ درصد است. اما از سوی دیگر، بخار آب گاز گلخانه‌ای خطرناک‌تری محسوب می‌شود و هرچقدر که بیشتر در جو زمین باقی بماند، بیشتر سیاره ما را گرم می‌کند. با این حال، چون نیو شپرد موتور خود را در همان مراحل ابتدایی پرواز خاموش می‌کند، بخار آب کمی به ارتفاعات بالای جو راه می‌یابد.
مهم‌ترین نگرانی در خصوص پرتاب موشک‌ها به ذرات ریزی مثل دوده و اکسیدهای آلومینیوم برمی‌گردد که مقدار بسیاری کمی از آن‌ها می‌تواند تاثیر زیادی روی جو زمین بگذارد. مطالعه‌ای درباره اثرات دوده ناشی از ۱۰۰۰ پرواز زیرمداری خصوصی در سال ۲۰۱۰ نشان داد که این پروازها می‌توانند تا ۱ درجه سلسیوس دمای نواحی قطبی را بالا ببرند و میزان یخ‌های قطبی را ۵ تا ۱۵ درصد کاهش دهند. ولی نشت این ذره‌ها هم در نیو شپرد پایین است و موشک بلو اوریجین در مجموع از جمله پاکیزه‌ترین موشک‌ها به حساب می‌آید.
