از آنجا که لباس روحانیت در دین و فرهنگ ما، لباسی مقدس و قابل احترام است، اشخاصی سودجو و فاسد برای دستیابی به اهداف شوم خود با استفاده از این لباس معنوی، قصد بی‌هویت کردن اشخاص آبرومند در این حیطه را دارند. در همین راستا امام خمینی (ره) در بیانات خود آورده‌اند که آسیب وارده از جانب یک روحانی خدانشناس و تبهکار به دین و جامعه‌ی ما، می‌تواند بسیار بیشتر از صدمات وارده توسط محمدرضا پهلوی باشد. همچنین اظهار کرده‌اند هدف از تشکیل دادگاه ویژه روحانیت نه طرف‌داری از معممین بااخلاق بلکه صیانت از اسلام است. زیرا روحانی برای مردم یک جامعه، الگوست و نگاه‌های زیادی به او معطوف شده است.
از لحاظ تاریخی تشکیلات و چارچوب منظم و قانونی دادگاه ویژه‌ی روحانیت، در اوایل سال ۱۳۵۹ به فرمان امام خمینی (ره) و تحت نظر دادگاه انقلاب (دادگاهی که به جرایم خاصی رسیدگی می‌کند) شروع به فعالیت کرد. این دادگاه در اواخر سال ۱۳۶۰، به‌طور مستقل در شهر مقدس قم تشکیل شد و در همین راستا، طی فرمان دادستان کل وقت (موسوی تبریزی)، تمامی پرونده‌هایی که در دادگاه انقلاب در جریان رسیدگی بودند، به دادگاه ویژه‌ی روحانیت در قم ارسال شدند؛ اما به دلیل حجم زیاد کاری و کمبود نیروی انسانی و اعتراضات محکومین دادگاه ویژه‌ی قم، تشکیلات مزبور در سال ۱۳۶۴ منحل گردید. در سال ۱۳۶۶ و در پی این جریانات، دادگاه ویژه به‌طور رسمی و با تعیین علی فلاحیان به عنوان دادستان دادسرای ویژه‌ی روحانیت توسط شخص امام خمینی (ره) تشکیل شد. هرچند که مدت زمان رسیدگی در این دادگاه براساس ضوابط و احکام شرعی صورت می‌گرفت، اما تصویب آیین‌نامه‌ای در سال ۱۳۶۹، به بهبود کارکرد این دادگاه کمک شایانی کرد. طبق این آیین‌نامه، روحانی کسی است که ملبس به لباس روحانیت باشد یا در حوزه‌ی علمیه مشغول تحصیل باشد یا حتی اگر کار دیگری انجام می‌دهد، عرفا او را روحانی بشناسند.
در ماده‌ی ۱۳ آیین‌نامه، بیان شده است که دادگاه و دادسرای ویژه‌ی روحانیت به کلیه‌ی جرایم روحانیون، کلیه‌ی اعمال خلاف شأن آنها همچون پوشیدن البسه‌ی نامناسب یا انجام خالکوبی روی بدن و همچنین کلیه‌ی اختلافات محلی مانند درگیری یا توهین به افراد عادی که موجب اختلال در امنیت عمومی شود (البته درصورتی که طرف اختلاف روحانی باشد) و همچنین کلیه‌ی اموری که از جانب مقام معظم رهبری به این دادگاه ارجاع شود، صالح به رسیدگی است.
همان‌طور که ذکر شد، این دادگاه تنها به جرایم روحانی‌نمایان و منتسبان به روحانیت اعم از جرایم عمومی و ضدانقلابی رسیدگی می‌کند و جرم آن فعل یا ترک فعلی است که مطابقِ قوانین، قابل مجازات باشد. اما دعاوی حقوقی (دعوای اثبات مالکیت) و خانوادگی (دعوای طلاق یا حضانت فرزند علیه روحانیون) در دادگاه‌های عمومی حقوقی مطرح می‌شوند؛ البته جنبه‌ی کیفری دعاوی خانواده، همچون عدم پرداخت نفقه به همسر یا عدم ثبت وقایع ازدواج و طلاق که براساس قانون مجازات، جرم محسوب می‌شوند و قابل تعقیب کیفری هستند، در دادگاه ویژه رسیدگی خواهد شد. همچنین به دلیل بالا بودن شأن دادگاه ویژه‌ی روحانیون، ماده‌ی ۳۲ آیین‌نامه مقرر کرده است که به تمام اتهامات شرکا و مرتبطین در جرم متهم روحانی حتی اگر آن شخص کودک یا نظامی باشد (کودکان و نظامیان خود دارای دادگاه‌های ویژه هستند)، در دادسرا و دادگاه ویژه جریان می‌یابد. ارتکاب جرم سرقت با کودک یا فردی نظامی یا انجام عمل شنیع لواط بر آنها نمونه‌هایی از این جرایم هستند.
هم‌اکنون این دادگاه تا زمانی که رهبر انقلاب ادامه‌‌ی کار آن را مصلحت بداند، در ده حوزه‌ی قضایی تهران، قم، مشهد، اصفهان، شیراز، تبریز، ساری، اهواز، کرمان و همدان فعالیت می‌کند. اما باید متذکر شد که اتهامات مربوط به اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام، شورای نگهبان، نمایندگان مجلس شورای اسلامی، وزرا و معاونین آنها، معاونان و مشاوران رؤسای سه قوه، سفرا، دادستان و رئیس دیوان محاسبات، دارندگان پایه‌ی قضایی، استانداران، فرمانداران و جرایم عمومی افسران نظامی و انتظامی از درجه‌ی سرتیپ و بالاتر و مدیران کل اطلاعات استان‌ها، درصورت روحانی بودن، باید در دادسرا و دادگاه ویژه‌ی روحانیت مطرح شود و همچنین به کلیه‌ی اتهامات نمایندگان مجلس خبرگان رهبری و ائمه‌ی جمعه به دلیل حساسیت مشاغل آنها، در دادسرا و دادگاه ویژه‌ی روحانیت تهران رسیدگی خواهد شد.
